תהליך סידור החומר הארכיוני ורישומו מתנהל בהתאם לעקרונות הבסיסיים של הארכיונאות. הרישום תואם במידה רבה את הסטנדרט הבינלאומי.
החומר הארכיוני מתחלק ל- 10 מדורים:
מדור א' — ארכיונים אישיים של זאב ז'בוטינסקי ובני משפחתו
מדור ב' — ארכיונים ואוספים של תנועת בית''ר
מדור ג' — ארכיונים ואוספים של ברית הציונים הרוויזיוניסטים - הצה''ר וההסתדרות הציונית החדשה - הצ''ח
מדור ד' — ארכיונים של ארגונים ומוסדות של תנועת העבודה הלאומית
מדור ה' — ארכיונים של מוסדות תנועת החרות, גוש חרות ליברלים - גח''ל, המפלגה הליברלית, הליכוד
מדור ח' — ארכיונים של ועדים, ליגות, חומר משפטי
מדור ט' — ארכיונים ואוספים של משקי חרות-בית''ר
מדור כ' — ארכיונים ואוספים של הגדודים, ניל''י, ברית הבריונים, הגנה, האצ''ל, לח''י, חי''ל, מאורעות, השואה, עליה ב
מדור ל' — ארכיונים ואוספים של ארגונים ומוסדות שקשורים בתנועה הלאומית
מדור פ' — ארכיונים ואוספים אישיים
בכל מדור רשימת ארכיונים (חטיבות) המתוארים ברמה בסיסית: סימול הארכיון, שם הארכיון, טווח התאריכים ומצב הסידור (לא מסודר, מסודר, ממוחשב, סרוק). לארכיונים שאינם מסודרים או ממוחשבים קיים רישום של שורה אחת ברשימת התיקים הכולל מצב סידור ומספר תיקים משוער. לארכיונים ממוחשבים או סרוקים ניתן למצוא רשימת תיקים. רישום התיקים נעשה ברמה של תמצית, הנותנת פירוט רחב לתוכן התיק וכן קישור לארכיון ולמדור.
מבנה הארכיון בא לידי ביטוי בספרים, אוספים מיוחדים (תצלומים, קלטות שמע וקלטות וידאו, עדויות וכד') מתוארים בהתאם לכללים ולדרישות המיוחדות של סוגי החומר השונים.
עד היום סודרו ונרשמו 651 ארכיונים, כאשר מתוכם 290 ארכיונים ממוחשבים ו-63 ארכיונים ממוחשבים וסרוקים
